它是采用经典的阳离子交换色谱分离、茚三酮柱后衍生法，对蛋白质水解液及各种游离氨基酸的组分含量进行分析。仪器基本结构同普通HPLC相似，但针对氨基酸分析进行了细节优化（例如氮气保护、惰性管路、在线脱气、洗脱梯度及柱温梯度控制等等）。

原理：蛋白质都是由 20 种氨基酸首尾相连，并以一定的顺序组成肽链。用水解的方法将肽链打开，形成单一的氨基酸进行分析。所有的氨基酸在PH值的条件下都带有正电荷，在阳离子交换树脂上均被吸附，但吸附的程度不同，碱性氨基酸结合力最强、其次为芳香族氨基酸、中性氨基酸、酸性氨基酸结合力最弱。按照氨基酸分析仪设定 的洗脱程序，用不同离子强度、PH值的缓冲液依次将氨基 酸按吸附力的不同洗脱下来（先酸性氨基酸再中性氨基酸 最后碱性氨基酸），被洗脱下来的氨基酸与茚三酮反应液 在加热的条件下反应（ 135 度），生成可在分光光度计中 570nm和440nm 检测到的蓝紫色物质（仲氨生成浅黄色物质 440nm 检测，外标法定量。